除了加强对诸王的思想教育之外，朱元璋还采取实际行动来限制诸王的权力，上面所提到的诸王所拥有的各项权力基本上都是洪武六年编纂而成的《祖训录》中规定的，但是在实际操作过程中，朱元璋也发现《祖训录》赋予诸王的权力过大，于是在接下来的时间中对《祖训录》进行了多次修改，最终于洪武二十八年（公元1395年）将其改定为《皇明祖训》。在《皇明祖训》中便对诸王的权力进行了进一步的限制，比如诸王之前拥有对封国内文武官员的生杀予夺大权，但是在《皇明祖训》中则规定诸王要按律判决，并且对于诸王封国内有老百姓侮辱诸王的情况，其处理办法则是不再由诸王判决，而是押送到京城来由朝廷决断。还有对于所谓的“大臣行奸，不令王见天子”也不再让诸王前去索取奸臣，而是由都督府抓捕，从而避免诸王过多干涉朝政。此外，诸王王府内的文官不再由诸王任命而是由朝廷选任。最终形成了诸王不得干预地方上的民政，王府之外的事务，均归各级地方官吏治理，亲王无权过问的局面。
而对于诸王来说最为倚仗的军队也有所限制，朱元璋规定诸王封国内卫所军队只能在紧急情况下征用，换句话说就是只能在战争时期征用，而在和平时期不论诸王理由多么充分，也不能征用卫所军队。