他一生的悲剧，在这里也埋下了伏笔——当所有人都在装睡的时候，你要叫醒他们，有多难？以一个人对抗整个官僚体系，不是堂·吉诃德是什么？
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海瑞抬着棺材上疏，最终却保住了性命。没有悬念，他经历了第二“落”，被投进了监狱。嘉靖皇帝杀人从不犹豫，但海瑞在监狱里等了一年，却等来了皇帝的死讯。老皇帝死了，忠臣出狱复官了。不过，都是出任一些位高权轻的虚职。
海瑞心里难受。他生命的意义是干实事，不是做个道德模范供人瞻仰。于是，他等来了宦海沉浮中的第三“起”。
与前两次受不知名力量推动升迁不同，这一次，的的确确是海瑞自己争取来的。隆庆三年（1569年）年初的京察，按照惯例，凡属四品以上身服红袍的官员都应当做出自我鉴定。海瑞在奏折中说，陛下既然赦免了我的死罪，又对我破格擢升，在所有的文臣之中，没有一个人会比我更迫切地要求报答陛下的恩典。接着，他谦虚地声称自己才浅识疏。又接着，他表示自己现任的职务只是专管查看呈奏给皇帝的文书，看罢以后原封发送，既无财政责任，又用不着下左右全局的决心，但是连这样的一个位置还不称所职，所以不如干脆把我革退。