后来，法国的微生物学泰斗巴斯德邀请他到巴斯德研究院担任一个职位。巴斯德研究院是当时研究微生物最权威的机构，梅契尼科夫愉快地接受了邀请，并在这个职位上工作到去世。“吞噬作用”最终被认可，梅契尼科夫因此获得了1908年的诺贝尔生理学或医学奖。
梅契尼科夫在保加利亚旅行时，在一个偏僻的小村落发现了很多百岁老人。于是，便有了乳酸菌的故事。
为了证明乳酸菌对人体有益的理论是成立的，梅契尼科夫每天都坚持喝酸奶。他于1916去世，享年71岁，虽然没有长命百岁，但比当时的平均寿命仍高出了不少。
梅契尼科夫被认为是免疫系统研究的先驱，也因发现乳酸菌对人体的益处，被人们称为“乳酸菌之父”。
梅契尼科夫死后，他的乳酸菌可以延长寿命的理论启发了日本科学家代田稔。1930年，代田稔将乳酸杆菌成功地分离出来，并在1935年生产出特殊菌种——代田菌，这种细菌能够抵抗胃中的胃液所造成的酸性环境，直接进入肠道中。他将这些菌种制成乳酸饮料，并投入生产，此后，这种饮料风靡全球，它就是“养乐多”。
这就是梅契尼科夫的生平，他是一位很有威望、很严谨的科学家，并非名利之徒。他没有为自己注册专利，也没有把酸奶商品化，更没有因为与食品厂勾结而赚得盆满钵满。